如何让F2签证失效？
其实题主已经找到答案了，f2在签证有效期内离开日本一次就会失效。 我的建议是不要尝试让f2失效，因为这样的话就代表着你主动放弃了这个身份。我认识好几个朋友都是因为各种原因想要回国发展，但又不想失去日本的在留卡和永住资格（日本永久居住权利），所以想出了一个方法。具体步骤如下： 在你准备回国的当天，去警察局报备你要离境日本的事实，警察会给你开一个临时出境许可，并保留好这个文件。等你从国内回来的时候还要再去一趟警察局，出示你的护照和入境章，然后警察会给你发一个再入国许可，注意要保留好。有了这两个东西你就可以合法再次入境日本了，不用担心会被拒之门外。而且这样做也不会影响你将来申请永驻或者入籍的权利。
另外我想补充一点就是根据题主的描述，你们的婚姻应该不是事实婚姻的，你们也没有长期生活在一起，这样的话日本法务省是有可能不批准你们的永驻申请的，即使你们拿到了永驻也会受到很多限制。 所以我还是劝题主三思而后行。
最后我再简单说一下f1和f2的区别吧。 f1是留学签证，主要面向在日本的大学、大学院就读的学生以及语言学校的留学生发放； f2是家属滞留签证，主要面向在日本留学持有学生签证的人的配偶和孩子。两者的共同点都是在日本可以合法逗留且享受一定的社会福利，不同点是f2不可以工作。当然，如果持有f2的人去语言学校学习的话是可以申请旁听生课程的，这样也可以拿到正式的学生签证f1。但需要注意的是，无论持有何种签证都不允许非法打工，否则将会被处以高额罚款甚至被遣送回国。